Phù Sùng lần đầu tiên được sử sách đề cập tới là vào năm 386, khi đó cha ông trở thành hoàng đế Tiền Tần sau cái chết của Phù Phi. Năm 387, Phù Đăng lập con trai của Phù Phi là Phù Ý (苻懿) làm thái tử và lập Phù Sùng làm Đông Bình vương và cho ông giữ một chức vụ chủ chốt trong triều. Sau khi Phù Ý qua đời năm 388, Phù Sùng trở thành thái tử. Không rõ về các đóng góp của ông trong các chiến dịch của phụ thân nhằm chống lại hoàng đế Diêu Trường của nước Hậu Tần kình địch.

Năm 394, sau khi Diêu Trường qua đời, Phù Đăng mở một chiến dịch lớn nhắm vào Hậu Tần; ông lệnh cho huynh đệ là Phù Quảng (苻廣) phòng thủ Ung Thành (雍城, nay thuộc Bảo Kê, Thiểm Tây) và Phù Sùng phòng thủ Hồ Không bảo (胡空堡, nay thuộc Hàm Dương, Thiểm Tây) song Phù Đăng lại không đảm bảo được nước cho đội quân của mình. Tân Hoàng đế Diêu Hưng của Hậu Tần cho quân đến Mã Ngôi (馬嵬, nay thuộc Hàm Dương, Thiểm Tây) để ngăn cản quân Tiền Tần tiếp cận được con sông gần đó, quân Tiền Tần do vậy đã sụp đổ vì khát. Khi hay tin chiến bại, Phù Quảng và Phù Sùng đã từ bỏ hai thành mà họ đang giữ. Phù Đăng chạy trốn đến Bình Lăng và sau đó lánh vào vùng đồi núi. Ông cử con trai là Nhữ Âm vương Phù Tông đến chỗ vua Khất Phục Càn Quy của Tây Tần, và gả em gái choa Khất Phục Càn Quy nhằm tìm kiếm sợ hỗ trợ của Tây Tần. Khất Phục Càn Quy đã cử tướng Khất Phục Ích Châu (乞伏益州) dẫn quân đến trợ giúp Phù Đăng, song đến khi Phù Đăng đi ra khỏi vùng đối núi để đến chỗ quân Khất Phục Ích Châu thì Diêu Hưng đã phục kích và bắt giữ ông ta rồi hành quyết sau đó.